Εκτός του κύριου Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών στην Επιστήμη και Μηχανική Υπολογιστών το οποίο οργανώνει και προσφέρει, το Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών συμμετέχει επίσης και σε τρία διιδρυματικά ΠΜΣ:
 
- Brain and Mind / ‘Εγκέφαλος και Νους’ (ΔΙ-ΠΜΣ Ε&Ν),  https://brain-mind.med.uoc.gr/
 
- Data Analysis and Machine-Statistical Learning / Ανάλυση Δεδομένων και Μηχανική-Στατιστική Μάθηση, https://mscs.uoc.gr/damsl/
 
- Biomedical engineering / Βιοιατρική Μηχανική, https://mscs.uoc.gr/bme-crete/